学校法人「森友学園」への国有知売却に関する決裁文書改ざんで、財務省近畿財務局が２０１５年５月に学園と結んだ国有地の定期借地契約で賃料値下げの理由とした「軟弱地盤」について、地質調査会社が否定的な見解を示していたことが改ざん前の文書で分かった。改ざんでこの部分が削除され、値下げは妥当との不動産鑑定士の見解が付け加えられていた。
16年６月の国有地売却ではごみ撤去費として約８億円が値引きされたが、それに先立つ定期借地契約でも、不可解な経緯が明らかになった。
不動産鑑定士も当初、軟弱地盤による価格への影響を否定したが、条件を変えた再鑑定で値下げ要因として考慮し、当初の予定価格から約５５５万円を差し引いた年約２７３０万円で契約したことが
既に判明している。
改ざん前の文書によると、財務局は「地質調査会社に意見を求めたところ、特別に軟弱であるとは思えないとした上で、通常と比較して軟弱かどうかという問題は回答が難しい」と記載。学園側の軟弱地盤との主張を認める内容ではなかった。
だが改ざんで地質調査会社からの否定的な見解を削除。「専門家に確認するとともに」と簡略化され、さらに「不動産鑑定士に意見を聴取したところ、（ボーリング調査は）新たな価格形成要因であり、賃料に影響するとの見解があった」と値下げを肯定する内容が付け加えられた。
また改ざん前には「学園が、当該ボーリング調査の結果を当局に提示し、本地は軟弱地盤であり貸付料に反映されるべきものと主張」と記されていたが、改ざん後は値下げを求める後半部分が消えた。財務省本省に対応を相談したとする部分も削られていた。
改ざん前の文書によると、15年1～２月、故鳩山邦夫元総務相秘書や平沼赳夫元経済産業相秘書から財務省側に「（賃料が）高額だ。何とかならないか」などと働き掛けがあった。一方、学園側は定期借地契約後の15年10月、安倍昭恵首相夫人付の政府職員にさらなる賃料値下げを陳情する手紙を送付。職員は賃料の優遇制度について財務省に照会し、ファクスで回答していた。
森友改ざん文書はひとまず置いて、最初から考えると、国有地を払い下げてもらう業者側は、当然の事としてどんなコネでも使ってでも、安く買いたいものである。これが民間の企業の当然の営業手法である。だからこの籠池さん安くしてもらうために、名誉校長でもある総理夫人の昭惠さんの名をかたると言うより、利用するのは当然の事である。役所側である財務省の近畿財務局だって、後ろ盾の総理夫人が居る森友とは、ケンカもしたくなくしかも安く売っても自分の腹が痛む訳でもないから、とにかく早く決着したいと思ってやった事だろう。そこに丁度安くする理由づけする地盤調査業者が安く出来る調査資料出来なかったから、仕方なく外注先はまずいから、身内の大阪航空局しかいなかったからそこに調査させ、理由づけを行ったと言う事だろう。我々業者側の良くやる手である。ここまでは本当に良く順調にやった事だろう。だがいつの世もここからである問題が起こるのは。つまりこの計画に携わる人間たちの人間性である。それは何か？ どちらかと言えば役所側であるが、この計画に携わる役人の性格である。人間皆顔が違うように性格ももちろん皆違い千差万別である。当然几帳面な者もいればズボラも居るし、悪い事もする人間も居れば正義感の強い者もいる。こう言う場合、気の弱い正義感の強い曲がった事の嫌いな堅物が居れば即アウトである。こう言う類の人間は、良心の呵責に耐えられず、必ずと言って良い程、グチってしまい、仕舞にはリークしてしまうのである。こう言う計画時の人選は本当に注意しないといけない。今回のこの国有地売却問題、恐らく、こう言う類の人間から漏れたのであろう。でないと発覚する訳がないからだ。安く買ったと思ってる受け手（買主）からは絶対と言って漏れないのが当たり前だからだ。そのチョットしたところを朝日に習われてしまった。ざっと言えばこんなところだろう。こう言う事がお偉方には理解と言うより頭が良すぎて（笑い）考えが理解できない所以と言って良いと思われる。
